Con respecto al sistema fonológico, dentro del dominio bucal, encontramos consonantes bilabiales, alveolares (centrales y laterales), palatales y velares. Quizás los rasgos distintivos más característicos del sistema fonológico de la lengua sean los que aportan la cavidad faríngea y la cavidad laríngea. Tenemos fonemas uvulares, epiglóticos y glotales.

Tenemos pues consonantes con el rasgo oclusivas, que dividen en tres subgrupos: simples, aspiradas y eyectivas. Ponemos por ejemplo /q'/ oclusiva eyectiva uvular. Todas las fricativas del sistema son sordas, podemos destacar la /H/ epiglotal y la /h/ glotal. El grupo de las nasales es muy similar al castellano, se diferencia, no obstante, en que los fonemas simples /m/ y /n/ pueden aparecer glotizados. Las aproximantes, que pueden ser también simples o glotizadas.

Se trata de una lengua tonal. Ya se ha expuesto, que entre las comunidades haida hay variaciones en la pronunciación. Afectan también al tono. En la zona de Kaigani el sistema aparece como mucho con una sílaba acentuada por palabra llevando un tono alto. En Masset y Skidegate el tono solo contrasta en sílabas pesadas.

La diferencia más importante en la pronunciación es la pérdida de ciertas consonantes en el haida del norte. Los sonidos que se pierden son: /G/, /x/ y /x/. En el caso de que estos sonidos ocurran en el medio de una palabra, el haida del sur la conserva. En algunas palabras, son reemplazados por otro sonidos como [w] y [y]. Un ejemplo es GALGUN/GÁLUN (wild currant). Como resultado de este proceso las palabras del haida del sur son ligeramente más largas.

Otro fenómeno que merece la pena tratar con respecto a la cuestión fonológica es la contracción de las vocales. Se trata de otra diferencia entre las diferentes zonas geográficas. Consiste en el mantenimiento o pérdida de la vocal corta (uh), por ejemplo, tl´a/tl´(ellos). Es más común en Alaska y el que menos contrae es la zona de Masset.

Vamos a proceder a tratar ahora el tema del acento. La mayoría de las palabras solo tienen un acento, pero muchas palabras no lo tienen. Es normal que, a veces, la única diferencia entre palabras sea el acento, por ejemplo xaad, que significa haida y xáad que significa el padre de una niña.

Hay abundantes confusiones entre los sonidos, aunque no en inicio de palabras, pero esto ha ocasionado confusiones entre las versiones de los diferentes diccionarios, por ejemplo, p/b, t/d, k/g, kw/gw, tl/dl, ts/j. También se produce confusión entre estos sonidos al final de palabra. Esto ocurre, en parte, porque las letras /b/, /d/, /g/, /gw/ y /j/ tienen dos pronunciaciones. Al inicio de palabra se pronuncian con mayor fuerza. Por otro lado, los sonidos /t/, /k/, /kw/ y /tl/ siempre se pronuncian de la misma forma.

Si analizamos la estructura silábica vemos que el ataque puede no aparecer, el núcleo complejo está permitido, como máximo aparecen dos vocales. La máxima ramificación de la coda es tres consonantes, en cambio para el ataque el máximo es dos.